Flumequine được coi là hấp thu tốt và được bài tiết qua nước tiểu và phân dưới dạng liên hợp glucuronide của thuốc mẹ và 7-hydroxyflumequine. Nó được loại bỏ trong vòng 168 giờ sau khi dùng thuốc. Tuy nhiên, các nghiên cứu liên quan đến gan bê cho thấy dư lượng không xác định bổ sung, trong đó một chất chuyển hóa mới, ml, đại diện cho chất chuyển hóa duy nhất chính 24 giờ sau liều cuối cùng và tại tất cả các thời điểm tiếp theo. Các chất chuyển hóa ml, không có hoạt tính kháng khuẩn, đã có mặt trong cả hai phần tự do và protein. Dư lượng chính được tìm thấy trong các mô ăn được của cừu, lợn và gà là thuốc mẹ cùng với một lượng nhỏ chất chuyển hóa 7-hydroxy. Dư lượng phát hiện duy nhất trong cá hồi là thuốc mẹ.[53]